Im Staatswald wird der Naturschutz groß geschrieben. Um weitere Maßnahmen neben Schonwäldern, Bannwäldern und Biosphärengebieten zu initiieren, werden Waldrefugien und Habitatbaumgruppen ausgewiesen. Die Stadt Wertheim hat sich diesem Konzept angeschlossen und sich zur Umsetzung verpflichtet.

Waldrefugien sind stillgelegte Flächen, auf denen keinerlei Forstwirtschaft betrieben wird. Hier soll sich Natur sich selbst überlassen werden und durch keine Eingriffe von außen gestört werden. Im Dertinger Stadtwald wurden drei Waldrefugien in den drei größten Distrikten (Ellenberg, Weidenloch, Steigerholz) mit einer Gesamtfläche von knapp 16 ha ausgewiesen. Diese umfassen sowohl mattwüchsige Eichenwälder als auch schlecht zugängliche Kiefern-Buchen-Wälder

In Beständen, die älter als 100 Jahre sind, werden je 3 Hektar eine Habitatbaumgruppe eingelegt. Diese Gruppen, in der Regel etwa 15 Bäume umfassend, werden ebenfalls von der Nutzung herausgenommen und sich selbst überlassen. Um einen zentralen naturschutzwürdigen Baum (Höhlen, Pilze, stehendes Totholz etc.) werden Nachbarbäume zum Schutz ausgesucht, mit einer weißen Wellenlinie markiert und mit GPS erfasst.